Обновление информации о оставшемся свободном пространстве и другие баги связанные со свободным местом, которые никогда не исправят

Тогда вам нельзя выключать обходчик на старте. И нужно обеспечить необходимую производительность дисков, чтобы он не упал по таймауту.
В случае Windows NTFS:

  1. проверить и исправить ошибки диска,
  2. провести дефрагментацию,
  3. включить автоматическую дефрагментацию, если вы её выключили
  4. Удалить 8.3 имена: NTFS Disable 8dot3name

В случае Linux - использовать ext4.
В любом случае не использовать exFAT, network filesystems (NFS, SMB/CIFS, SSHFS, …).
Желательно не использовать Windows VM on Linux (VMware, Proxmox, KVM, …), если у вас Linux host - используйте docker/LXC.