Тогда вам нельзя выключать обходчик на старте. И нужно обеспечить необходимую производительность дисков, чтобы он не упал по таймауту.
В случае Windows NTFS:
- проверить и исправить ошибки диска,
- провести дефрагментацию,
- включить автоматическую дефрагментацию, если вы её выключили
- Удалить 8.3 имена: NTFS Disable 8dot3name
В случае Linux - использовать ext4.
В любом случае не использовать exFAT, network filesystems (NFS, SMB/CIFS, SSHFS, …).
Желательно не использовать Windows VM on Linux (VMware, Proxmox, KVM, …), если у вас Linux host - используйте docker/LXC.