Если это Windows, то рекомендуется провести дефрагментацию и не выключать автоматическую дефрагментацию для этого диска. Если ошибки насчёт БД будут продолжаться и не решаться самостоятельно, подумайте, пожалуйста, о перемещении БД на SSD: Move databases on Windows storagenode - #2 by Alexey
Насчёт повышенного использования trash я думаю @Vadim прав, также теперь все клиентские удаления происходят с помощью Garbage Collector, а не напрямую.