Copia de Seguridad

¿Cuales son las carpetas que debo respaldar?
Y cada cuanto recomiendan hacerlo?

Depende de tus objetivos.
La copia de seguridad regular es inútil. Una vez que lo restaure, su nodo será descalificado por perder datos desde que se creó la copia de seguridad. Crear copias de seguridad periódicas no tiene sentido.
Si reinstala el sistema operativo, entonces identidad Y datos. Uno sin el otro es inútil y solo resultará en la descalificación. Nunca ejecute el original si ya se está ejecutando una copia en otro lugar.