Если будет нужно выключить компьютер на обслуживание,
с работающими узлами через Windows и Docker
достаточно запустить Stop-Service storagenode
или Docker дополнительно тоже нужно остановить?
Ничего делать не требуется, выключаете обычным образом, всё будет остановлено автоматически и запущено автоматически, когда включите.
Но если очень хочется, то docker stop -t 300 storagenode2 достаточно. Для запуска потом нужно будет выполнить docker start storagenode2